В области крестца у животного имеются сальные железы, а в кожных складках между половыми органами и анальным отверстием – паранальные железы. Последние выделяют специфический секрет, благодаря которому каждое животное обладает индивидуальным запахом. Секрет самцов пахнет значительно сильнее, чем самок. Голова у морской свинки довольно крупная. Ее мозг также развит довольно хорошо.